A francia titkosszolgálat az egyik polinéziai szigeten atomrobbantást hajt végre, melynek hatására a sziget állatvilágában mutáció következik be. A kísérlet következtében gigantikusra nőtt, agresszív hüllő, Godzilla az éhségtől és dühtől hajtva megtámadja New York-ot. A várost romba döntő szörnyeteget képtelenek a hadsereg csapatai megfékezni, s hamarosan kitör a pánik. Egy atomtudós (Matthew Broderick) és egy különös francia férfi (Jean Reno) közös erővel próbálják megfejteni az irtózatos méretű lény rejtélyét és megállítani a pusztítást, amíg még nem késő.